对发包人而言，建设工程价款结算的法律风险主要是：在合同有效的情况下，主要是拖欠工程款以及由此产生的违约金、利息的法律风险；在合同无效的情况下，主要是拖欠工程款以及由此产生的赔偿损失、利息的法律风险。对于承包人而言，建设工程价款结算的法律风险主要是：迟延拿到或者拿不到工程款的法律风险。由于工程价款竣工结算在竣工验收合格之后，而竣工结算所暴露的问题通常发生在合同签订阶段（招标投标）、合同履行阶段、工程结算阶段，每个阶段又有不同性质的法律风险，现将其概括总结为三个阶段的法律风险：
第一阶段（前期风险）：合同签订阶段（招标投标）
（一）建设工程价款结算的依因建设工程合同无效导致的工程价款结算法律风险
建设工程合同无效，主要是违反建筑从业单位资质管理法律规定、招标投标法律规定、违法分包与非法转包所导致的，而这些都与建设工程合同的签订密不可分，都是发包人与不具备资质的承包人签订合同，或者不按照招标投标的规定选定承包人，或者违法与承包人签订专业分包合同、劳务作业分包合同等。首先，建设工程合同无效，是否要求结算工程价款，必须与工程质量是否合格、不合格情况下能否修复相挂钩。其次，建设工程合同无效，承包人可以请求参照合同约定结算及支付工程价款，但是不等于必须参照合同约定结算及支付工程价款，承包人也无权要求按照市场行情据实结算工程价款。再次，建设工程合同无效，即意味着发包人无法追究承包人工期、质量、安全等方面的违约责任，承包人无法追究发包人工期、工程款支付等方面的违约责任，只能主张赔偿损失。最后，建设工程合同无效，当事人已经取得的管理费、挂靠费等非法所得有可能被收缴。
（二）因违反招标投标规定构成黑白合同导致的工程价款结算法律风险
黑白合同是与建设工程招标投标紧密联系在一起的，强制招标工程或者非强制招标工程但采取合法招标程序的工程，必须适用招标投标的法律规定。对于强制招标项目，如果当事人就同一建设工程签订两份以上内容不同的合同，应当以中标合同作为结算工程价款的根据。一般而言，“黑合同”比“白合同”的价款更低、工期更短、质量标准更高、违约责任更大。对于发包人来说按照“黑合同”结算比按照“白合同”结算更有利，对于承包人来说按照“白合同”结算比按照“黑合同”结算更有利。因此，在构成黑白合同的情况下，或者存在多份合同的情况下，合同是否有效，究竟是按照哪份合同进行结算，对发包人或者承包人利益的影响都是不同的。在实践中，黑白合同的情况复杂，关键是要确定工程价款结算的依据问题：(1)法律、行政法规规定必须进行招标的建设工程，以中标合同作为工程价款结算的依据。(2)法律、行政法规规定必须进行招标的建设工程，未经过招标投标的，该建设工程施工合同为无效合同，应当参照实际履行的合同作为工程价款结算的根据。(3)如果黑、白合同均无效，应以双方真实意思表示且实际履行的合同作为工程价款结算的根据。(4)法律、行政法规未规定必须进行招标的建设工程，但依法经过招标投标程序并进行了备案，应当以中标合同作为结算工程价款的依据。(5)法律、行政法规规定不是必须进行招标的建设工程，实际也未依法进行招标投标，当事人将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。(6)中标合同与招标投标文件不一致，应当以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据。
（三）因低于成本报价导致的工程价款结算法律风险
在建设工程招标投标中，有的投标人为了中标，恶性竞争低于成本报价。如果低于成本报价，实践中一般认定所签订的建设工程合同无效，合同当事人需要承担建设工程合同无效的法律风险。
（四）因建设工程合同的特殊约定导致的工程价款结算法律风险
(1)固定价合同导致的工程价款结算法律风险。固定价合同是相对的，不是一成不变的，遇到法律规定的或者合同约定的调整工程价款的情形时，就应当调整工程价款。在固定价合同履行过程中，如果遇到设计变更，或者材料、设备价格涨跌，都有可能导致工程价款的调整。工程价款调整，要么调高，要么调低，总会有利于一方、不利于另一方。如果遇到工程延误，发包人、承包人都有可能承担材料价格涨跌所导致工程价款调整的不利后果。(2)以送审价为准结算导致的工程价款结算法律风险。承包人的送审价一般都高于工程的实际造价，如果以送审价为准结算，则对于承包人较为有利，对于发包人较为不利。如果合同约定以送审价为准结算，发包人有可能需要承担的法律风险主要有：如果承包人已经合法、合约报送工程结算资料，发包人没有在合同约定审价期限作出答复，发包人需要承担以送审价为准结算的不利后果。(3)以审计价为准结算导致的工程价款结算法律风险。对于全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目，如果合同约定以审计价为准结算工程价款，则对于承包人较为不利，有可能需要承担的法律风险主要有：首先，必须接受审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论，意味着不能对工程价款结算进行协商或者提出异议。其次，可能面临迟迟无法结算或者拿到工程价款的法律风险。一般情况下，审计机关的审计、财政评审机构的评审周期较长，合同又无法限定审计、评审的时间，有可能导致迟迟不能完成审计、评审。
第二阶段（中期风险）：合同履行阶段
（一）因质量不合格导致的工程价款结算法律风险
工程质量是建设工程的核心环节，质量是否合格与否，关系着能否验收合格、竣工结算、拿到工程款。无论建设工程是否有效、是否履行完毕，承包人能否主张工程价款结算及支付，都与工程质量是否合格、不合格情况下与能否修复相挂钩。
（二）.因工期延误导致的工程价款结算法律风险
1. 工期延误是影响工程投资目标的主要原因，也是导致承发包纠纷的重要原因之一。工期延误的原因主要有三种：承包人自身原因、发包人自身及客观原因、综合性原因引起的工期延误。发包人自身原因及客观原因造成工期延误，承包人可向发包人主张索赔，若不按合同约定期限及时向发包人发出索赔通知并提供证明索赔金额的证据材料，会导致发包人结算时对索赔费用不予认可的风险。因承包人自身原因导致工期延误，承包人应在施工过程中对业主的索赔及时做出回复，并据实保留相关证据，否则会导致发包人结算时因此项索赔对承包人进行扣款的风险。
（三）因变更签证导致的工程价款结算法律风险
工程变更签证是履约过程中对工期顺延和经济索赔的确认文件，是项目最终结算时增减工程造价的凭据。承包人在施工过程中的变更签证手续不全的主要情形有：签证签发主体不适格，没有发包人盖章或者发包人工作人员签字确认；没有书面变更签证的情形下直接执行发包人的变更指令；未在合同约定期限内向发包人提出变更工程款费用的报告。若变更签证手续不全，承包人有义务对增加的工程量承担举证责任。变更签证手续不全，发包人很有可能拒绝承认签证的真实性和有效性，结算时对签证中工程费用不予认可。
（四）因中途解约导致的工程价款结算法律风险
由于发包人资金不到位、中途退场、承发双方发生纠纷、发包人强行清场、承包人擅自撤场等原因，造成工程未完工时双方中途解约。在实务中如果第三方进行后续施工，会涉及已完工程分界面等问题。这类案件的争议焦点通常包括中途解约的原因责任，以及原承包人已完施工界面及工程量的争议等。
第三阶段（后期风险）：工程结算阶段
（一）因工程未验收导致的工程价款结算法律风险
工程验收是工程结算的前提，还涉及缺陷责任期的起算以及质保金返还时间的起算，对承包人结算及尾款支付的影响重大。当工程具备施工验收条件后，承包人应及时提请竣工验收，并做好相关验收准备工作。工程不具备验收条件、发包人拖延或者不组织验收，或者因为承包人原因造成工程未验收，在此情况下，发包人很容易提出质量索赔。工程未经验收，发包人投入使用后，往往又以工程存在质量为由，拖延结算不予支付工程价款。
（二）.因拒收结算报告或拖延结算导致的工程价款结算法律风险
工程竣工交付后，发包人常常以各种理由拒收结算报告或者拖延结算，使工程结算工作迟迟难以完成。发包人从而以结算作为借口拖延支付工程尾款，对承包人极为不利。
